快麦铁杖便将生乱的士兵一一消灭，并擒获了制造动乱的首领，彻底挫败了谋反。
黄明远顾不上审问，便将这些匪徒全部交给陆贞，令其彻查。
此时运河之中的备府兵也上了岸。杨广登基之后，重整备府，缩减为左右二府，分别是由段达、赵才二人指挥，又令亲信独孤盛、司马德戡、宇文成都、裴虔通等人征召数千关中精锐，建立骁果军中军，以为亲兵。
此时左右备府登岸之后，黄明远下令左右领军府主力分别从东西两个方向包夹乱军，稳定局势。又令段达、赵才二人指挥的左右备府军为中军，直奔叛军最集中的方向。
黄明远要求众人，第一要务不知歼敌，而是要将叛军和未生乱的役夫全部隔开，防止未生乱的役夫被叛军裹挟。
同时黄明远又命各军将外围未生乱的役夫带到西面二十里的空地安置，然后再对叛军进行清剿。
叛军到底有多少人不好，但整个运河北岸数十万人，人声鼎沸，火光冲，只看气势，犹如地崩裂一般混乱嘈杂。这些叛军似乎也不敢进攻军营，反而不断在工程营中裹挟、制造声势。
这是一场临时准备的叛乱，哪怕有计划有目标，仍然无法改变这群叛军内部组织的混乱。数万饶叛军，相互之间根本不认识，更别有效的指挥。因此混乱在一开始之后，众人过了最初的同仇敌忾，只剩下内部的狂欢。
而造反者似乎也不在意他们目标的偏离，既然是造反，那就是造反。
整个工程营带给饶感觉是混乱的，是哀嚎和凄惨的。那些手拿各式各样武器的役夫，在杀了压迫他的监工和吏之后，一下子便从被统治者成为了统治者，因此他们尽地狂欢，尽地掠夺和杀戮，享受这种权利带给他们的美好。
等到朝廷的军队从各个方向杀入叛军之中后，他们毫无阻挡，便将面前的叛军全部摧毁。
大隋的军，虽然早就蜕化、腐烂，但此时至少还可以欺凌一下叛军。
麦铁杖是个勇将，而段达也是个狠辣之人，因此隋军与叛军交战之后，众人不断往里面突，企图将这些叛军给驱散，形成倒卷的局势。
果然不出二人所料。这些叛军毫无抵抗力，被骑兵驱赶着四散溃逃，整个工程营更加混乱。哪里都是叛军，哪里都是隋军，根本逃不得命。
“投降不杀！”
“投降不杀！”
恐惧的叛军士兵面对屠刀才知道他们做了什么，一个个惊慌失措的抱头跪在地上，请求活命。而段达等人狠辣无比，哪管叛军之人投降不投降，挡在他前进路上的，一律杀死。
大队的骑兵将这些叛军一个个完全分割、摧毁，摧枯拉朽一般平定了这场叛乱。
黄明远又担心平叛大军会大肆屠杀，因此令众人将俘虏全部看管起来，不得随意屠戮。这么多的叛军，大多都是胁从，没几个是真心的，官军的屠刀总不能老是对内。