被于士澄的暴虐所激起的愤怒早就填满膛。这时有人带头，江南豪强一呼百应，纷纷举旗反隋，声势浩大。再加上万安堂余孽的鼓动，整个江南立刻乱了起来。这些反隋武装“执县令，或抽其肠，或脔其食之，”手段残忍，影响恶劣，严重动摇了大隋政府在江南的统治基础。
到了这个时候，别再继续清洗了，若是不能镇压叛乱，江南怕是要乱了。这场动乱实际上是一场无妄之灾，若不是地方官员为了政绩为凌虐百姓，也不会引发这么大的乱。
杨广听闻消息之后大怒，立刻命各地清剿匪患，安定地方。
为了彻底镇压各处盗匪，杨广以黄明远为吴州道行军大总管，江南安抚大使，率领军和淮南府兵征讨江南叛逆。杨广授予了黄明远便宜行事的权利，江南四品以下官员可任由黄明远处置。而实际上整个江南也没有几人是四品以上的官吏，黄明远事实上成了江南官员的太上皇。
临别之际，杨广拉着黄明远的手道：“江南之地，本就人心不附，此次贼乱，正是彻底清理这些叛逆的好机会。卿切记要将叛逆攘除干净，勿使江南再次为乱。”
杨广格有时候的确太刚了，难道不知道若是如你这般，这仇恨便要深重，江南人心更不附了。杨广做的很多事再后人看来都得不偿失，不是他没有理智，而是他觉得不必在乎。
黄明远当然不会像杨广要求的这样。虽然到了吴州之后，一阵大杀四方，也能很顺利地平定叛乱，到时候赚得一堆封赏更是易事，但为下计，解决问题不是这么做的。
虽然平乱之事很急迫，黄明远仍前往大理寺和刑部，将各处谋反案的卷宗都带上了。大理丞张元济这一次将自己对这些案件的审核全部交给黄明远，看着这一件件触目惊心的案子，黄明远也不皱眉。这于士澄真是找死，若不是知道于士澄乃是子的心腹，甚至黄明远都觉得于士澄在故意制造混乱。
十月十五，黄明远带领六千军和扬州本地官军万余人从江都港渡河，直扑大江以南的延陵。
延陵为江南之要隘，控南扼北，为兵家必争之地。
此时不过半个月的时间，吴州的动乱已经蔓延到延陵等地。虽然延陵城并未被叛军所攻占，但延陵各地，大批暴民肆虐，官府在茨统治不复存在。
黄明远命右领军将军麦铁杖率领步骑三千直奔延陵城，沿途暴民，尽皆击溃之。
等到麦铁杖率军到了延陵城下，竟有数千暴民围城。这些暴民虽然有一些大族私兵裹胁，但本没有组织。麦铁杖一击之下，便将其击溃。贼军四散溃逃，这时延陵之围乃解。
解了延陵之围，大军才有了一个安全的前进基地，而江北的物资也能顺利的越大江以南。
黄明远顾不得留在延陵安抚百姓，只留下左武侯大将军郭衍率兵五千在延陵继续安抚士庶，清理叛军残余，其余部队继续南下。